Na dwóch najchętniej wybieranych przez pasażerów Flixbusa trasach istnieje równoległa oferta kolei. Pociągi są jednak albo zbyt powolne, albo są przepełnione i nie ma w nich miejsc siedzących.
Flixbus podał, że najchętniej wybierane miejscowości w krajowej siatce połączeń Flixbusa to Warszawa, Kraków, Wrocław, Katowice, Poznań, Łódź, Szczecin i Rzeszów. Jeśli chodzi o połączenia, triumfy święcą dwie: Warszawa – Wrocław przez Łódź i Kraków – Wrocław przez Katowice. Na pierwszej i drugiej Flixbus uruchamia około 20 autobusów dziennie, w tym połączenia nocne.
Popularność autobusów nie może zaskakiwać w wypadku trasy Warszawa – Wrocław. Czas przejazdu części autobusów jest krótszy niż pociągów (zwłaszcza w relacji do przystanku przy placu Grunwaldzkim oraz dla autobusów kursujących z pominięciem Łodzi), cena podobna, a do tego w weekendy zdarza się, że w pociągach nie ma miejsce siedzących. Przyspieszenia składów Pendolino będzie mieć miejsce
dopiero z końcem roku, ale już teraz wiadomo, że nie będzie to oferta dla mniej zamożnych.
Ale dlaczego autobusowy biznes tak dobrze działa w wypadku trasy Kraków – Katowice – Wrocław, gdzie pociągi są szybkie i prawie na całej trasie mogą rozwijać prędkość 160 km/h? Tu przyczyną jest niedostosowanie oferty do potrzeb, zwłaszcza w dłuższych relacjach. Miejsc w pociągach w atrakcyjnych godzinach regularnie brakuje w weekendy, a przepustowość magistrali E30 jest tak niska, że nie pozwala na uruchamianie dodatkowych składów. Na tym zyskuje Flixbus, który kursując po autostradach i unikając postojów w mniejszych miejscowościach przemieszcza się niewiele wolniej niż składy PKP Intercity i w podobnych, a czasami niższych cenach.
Flixbus doskonale wpisuje się w potrzeby transportowe wszędzie tam, gdzie oferta kolei wydaje się zbyt droga i przy tym nie oferuje wiele lepszego czasu przejazdu. Najlepszy przykład to portugalska trasa z Lizbony do Porto i z powrotem. Zielone autobusy kursują tu nawet co 15 minut, 62 razy dziennie.